Nexus6はGoogle PlayとYモバイルから発売されています。Yモバイルはキャリア保証が有償ですが付けることができます。Google Play版はメーカー（Motorola）限定保証はありますが、日本国内販売のものは加入出来ないようです。
Yモバイルの場合は、故障安心パック-Sに加入すれば契約期間内は故障や破損の保証サービスが受けられます。日本国内でGoogle Play版を購入した場合は、購入日から１年間の保証になります。
Yモバイルの保証は月額500円が必要なのですが、契約していたら水漏れ・全損も保証対象（5,000円/1回）になるので心配な方はこちらの保証の方が良いかもしれません。
ただ、Google Playは保証期間内なら、100%に近い確率で新品と交換してくれるらしいのでこちらも良いですね。
実際Google Playの保証はNexus5で利用したのですが（
こちらの記事を参照）対応もしっかりしていて直ぐに交換品を送ってもらえるし、メールで連絡のやり取りが出来て忙しく店舗に行く時間のない方には良いと思います。
僕は今までスマホの画面を傷付けたのはGalaxy Nexusを落とした時ぐらいです。（画面の端がほんの少し欠けただけなんですが）なので基本的にキャリアの有償保証には加入していません。購入する機種に因るのですが、最近はもっぱらグローバル展開されている機種を購入することが多いのでキャリアの保証に入っていなんです。
１年以内の故障の場合は、Google Playで修理ではなくて交換してもらえるのでこっちの方が良いように思います。それ以降はYモバイルでの保証は継続できるのでこちらも良いかもしれません。万が一の為の保証なので、Yモバイルでの購入を検討して居られる方は500円の保証は入っても良いかもしれませんね。
Yモバイル購入でもGoogle Playの保障は使えるのかな？ たしかNexus5の時は使えるって聞いたんですが。